– Antallet af omkomne efter det andet kraftige skælv er på mindst 25 personer, mens over 1000 blev kvæstet, oplyser en embedsmand.
Ved skælvet torsdag omkom mindst ni personer.
Det seneste skælv, der rystede øen klokken 01.25 natten til lørdag lokal tid, havde ifølge USGS en styrke på 7,0 og ramte i en dybde af 40 kilometer. Japanske myndigheder har målt skælvet til 7,3.
Den japanske tv-station NHK rapporterer også, at en bro i Kumamoto skulle være styrtet sammen.
Premierminister Shinzo Abe siger, at hurtighed i redningsarbejdet har altafgørende betydning, men han advarer om, at der er udsigt til regnvejr i området, hvilken vil vanskeliggøre redningsarbejdet og øge risikoen for jordskred.
– Intet er vigtigere end menneskeliv, og vi er inde i et kapløb med tiden. Jeg ønsker at se redningsarbejdet blive udført med de yderste anstrengelser, siger han.
Japans metrologiske institut, JMA, udsendte umiddelbart efter skælvet lørdag et tsunamivarsel for øen Kyushus vestkyst og advarede om, at der kunne ske mindre ændringer i havniveauet. Varslet blev dog ophævet kort tid efter.
Japan er et af de mest udsatte lande i verden, når det kommer til jordskælv. Landet har et af klodens mest strikse bygningsreglementer, der betyder, at skaden på infrastrukturen ofte er minimal selv efter store rystelser.
De japanske myndigheder vil indsætte 20.000 tropper til regionen for at hjælpe med at opretholde orden og deltage i oprydningen.
Der er ingen meldinger om, at jordskælvene har ført til uregelmæssigheder på tre nærliggende atomkraftværker.
/ritzau/AFP